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Academia / Etapa 2 · Simula

Comprobación y prueba de la deducción

Durante cuánto tiempo puede la Administración comprobar una deducción y por qué una factura no basta cuando se cuestiona la operación.

Objetivo Podrás preparar la documentación de una deducción pensando en una comprobación que puede iniciarse hasta diez años después del plazo de declaración.

Lección
19 de 24
Nivel
Avanzado
Tiempo
6 min

ConceptosPlazo de comprobaciónCarga de la pruebaDocumentación del proyecto

La documentación de una deducción debe permitir reconstruir qué se hizo, cuánto costó y qué saldo se declaró y aplicó. Guardar facturas sin conectarlas con el proyecto deja sin explicar partes esenciales de esa historia.

Diez años para iniciar la comprobación

El artículo 39.6 LIS permite iniciar la comprobación de deducciones aplicadas o pendientes durante diez años. El cómputo empieza el día siguiente a aquel en que termina el plazo para declarar el período en que se generó el derecho.

No empieza cuando se compra el equipo, se emite el informe técnico o se utiliza por primera vez el saldo. Tampoco es un plazo para terminar cualquier procedimiento ya iniciado ni el plazo concedido al contribuyente para aplicar la deducción.

El artículo 66 bis LGT conecta esta comprobación con procedimientos relativos a obligaciones y períodos cuyo derecho a liquidar no haya prescrito. Comprobar un saldo antiguo que afecta a un período abierto no equivale a reabrir libremente la liquidación del ejercicio antiguo.

Ejemplo de cómputo: si, en un supuesto didáctico, el plazo reglamentario para declarar el período de generación termina el 25 de julio de un año, el cómputo empieza el 26 de julio. Utilizar parte del saldo varios años después no traslada ese punto de partida. Para fechar un caso real hay que verificar el calendario y sus circunstancias procedimentales.

Pasado el plazo sigue habiendo prueba

Transcurridos los diez años, la LIS exige acreditar las deducciones que se pretenda aplicar mediante la liquidación o autoliquidación y la contabilidad, con acreditación de su depósito en el Registro Mercantil durante ese plazo. La antigüedad no crea un saldo ni sustituye estos documentos.

Organiza las declaraciones de generación y aplicación junto a una conciliación del saldo: importe generado, correcciones, aplicaciones anteriores y pendiente. Es una recomendación de trabajo para poder reconstruirlo, no un formulario oficial adicional.

Una factura puede no bastar

El artículo 106.4 LGT da prioridad a la factura para justificar gastos y deducciones originados en operaciones de empresarios o profesionales. Pero, si la Administración cuestiona fundadamente la efectividad de la operación, el contribuyente debe aportar pruebas de que existió.

Una factura que diga «servicios tecnológicos» y una transferencia pueden documentar facturación y pago; no explican por sí solas el trabajo ejecutado ni su relación con la deducción. Según el caso, resultarán útiles el contrato, entregables fechados, pruebas técnicas, registros de trabajo y aceptación del servicio. Ninguno de ellos acredita aisladamente que el gasto sea deducible.

Un expediente que se pueda reconstruir

Como propuesta práctica, reúne cuatro bloques:

  1. Actividad: objetivo, situación técnica inicial, tareas y evidencias de su ejecución.
  2. Costes: facturas, personal y dedicación, activos y criterio para asignar cada importe al proyecto.
  3. Cálculo: base, ajustes por ayudas, porcentajes y conciliación con la contabilidad.
  4. Declaración: autoliquidaciones, documentación contable y movimientos del saldo pendiente.

Esta organización ayuda a presentar pruebas; no sustituye los requisitos de cada incentivo ni significa que todos los documentos sean legalmente obligatorios en cualquier proyecto. La consignación y el plazo de aplicación se estudian por separado porque cumplen funciones diferentes.

Tarjetas

  • Plazo de comprobación de deducciones — Diez años para iniciar la comprobación, contados desde el día siguiente al fin del plazo de declaración del período de generación; no equivale al plazo para aplicar el saldo.
  • Prueba de la realidad de una operación — Evidencias de que el trabajo o suministro existió; si la Administración cuestiona fundadamente su efectividad, el artículo 106.4 exige al contribuyente aportarlas aunque tenga factura.
  • Acreditación tras diez años — Exhibición de la liquidación o autoliquidación y la contabilidad, acreditando su depósito en el Registro Mercantil durante ese plazo, para aplicar la deducción según el artículo 39.6 LIS.

Las tarjetas de todas las lecciones forman el glosario de la Academia.

Autoevaluación

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1. ¿Desde cuándo se cuentan los diez años para iniciar la comprobación de una deducción?
La respuesta y su porqué

c) Desde el día siguiente al fin del plazo de declaración del período en que se generó. El artículo 39.6 sitúa el inicio del cómputo en el día siguiente al término del plazo de declaración del período de generación.

Fuente: Art. 39.6 LIS.

2. Si han pasado los diez años y se pretende aplicar la deducción, ¿desaparece toda obligación de acreditarla?
La respuesta y su porqué

b) No: debe exhibirse la liquidación o autoliquidación y la contabilidad, acreditando su depósito en el Registro Mercantil durante ese plazo. La LIS mantiene expresamente esa acreditación documental después del plazo de comprobación; no autoriza a aplicar un saldo sin soporte.

Fuente: Art. 39.6 LIS.

3. La Administración cuestiona fundadamente que un servicio facturado se prestara. ¿Basta con volver a aportar la factura?
La respuesta y su porqué

a) No: corresponde aportar pruebas de la realidad de la operación. La factura es el justificante prioritario, pero no tiene valor privilegiado para acreditar la existencia de una operación cuya efectividad se cuestiona fundadamente.

Fuente: Art. 106.4 LGT.

4. ¿Los diez años son un nuevo plazo general para liquidar cualquier ejercicio antiguo?
La respuesta y su porqué

b) No: la comprobación de la deducción se conecta con obligaciones y períodos cuyo derecho a liquidar no haya prescrito. El artículo 66 bis distingue el derecho a comprobar deducciones del derecho a liquidar los períodos afectados y limita el marco en que se realiza esa comprobación.

Fuente: Art. 66 bis.2 LGT.

Fuentes

  1. Art. 39.6 LIS · verificada el 17 de octubre de 2026
  2. Art. 66 bis.2 LGT · verificada el 17 de octubre de 2026
  3. Art. 106.4 LGT · verificada el 17 de octubre de 2026

Fuente más antigua verificada el 17 de octubre de 2026. Divulgación, no asesoramiento sobre un caso concreto.